1. Можно ли предусмотреть возможность не включать в бюджет отдельные категории доходов / расходов (по аналогии со счетами). 2. Можно ли дать возможность редактировать справочник групп у Счетов?

Возможность для создания нескольких бюджетов (например основной - Бюджет движения денежных средств и дополнительный - Бюджет доходов и расходов) можно получить если дать возможность при вводе (редактировании) счета выбирать опцию - включать в основной / дополнительный бюджет (или вооще выбирать произвольное количество бюджетов). Плюс конечно соответствующий интерфейс на вкладке Бюджеты