Возможность для создания нескольких бюджетов (например основной - Бюджет движения денежных средств и дополнительный - Бюджет доходов и расходов) можно получить если дать возможность при вводе (редактировании) счета выбирать опцию - включать в основной / дополнительный бюджет (или вооще выбирать произвольное количество бюджетов). Плюс конечно соответствующий интерфейс на вкладке Бюджеты