Пользуюсь последней версией мобильного приложения и тоже могу подтвердить, что если ввести несколько операций на iPhone и потом сделать синхронизацию, то одна или более операций исчезают в никуда.

iPhone 4S. Проверено и на iOS 6 и на 7-й. Версия HomeMoney последняя из App Store.