Как учитывать цели в бюджете?

К сожалению пока бюджет расходов и накопления на цели никак не связаны.
Если у вас есть отдельный счет на котором вы собираете деньги его можно исключить из бюджета (Счета - Редактировать, галочка Включить в Бюджет) и после этого вам будет достпуна категория расходов "Перевод с бюджетных счетов" - это обычно возвраты долгов и накопления.