Никак особо отмечать не надо, главное чтобы у счета, с которого производятся траты, в опциях была отмечена галочка "Включать в бюджет". Тогда эти траты попадут в столбец "Факт" вкладки "Бюджет".

Подскажите, пожалуйста, как лучше поступить:
Есть два счёта Наличные и Карточка, есть запланированные в Бюджете расходы, например, Питание, которые могут быть оплачены с обоих счетов.

Также в Бюджете есть позиция Перевод с бюджетных счетов, в которую попадает перевод с невключённого в бюджет счёта Карточка.

Но так как Карточка - небюджетный счёт, она не отображается в запланированном бюджете в расходах по Питание.

Как лучше поступить?

Нужно включить счет Карточка в Бюджет. На странице "Счета" возле счета кликнуть "Редактировать" и отметить галочку "Включать в бюджет".

Но тут с другой стороны мне нужно отслеживать переводы с этого же счёта Карточка, т.е. позиция в бюджете Перевод с бюджетных счетов.

Получается чтобы в Бюджет попадали расходы с этого счёта, нужно сначала переводить на счёт Наличные.

Если вы для текущих расходов используете и наличные и карточку, тогда видимо неправильно делать ее Не бюджетной и использовать Перевод с бюджетных счетов